En octubre de 1934 ingresaron en el Fuerte de San Cristobal/Ezkaba los primeros presos politicos. 879 hombres que fueron amnistiados en abril de 1936 con el triunfo del Frente Popular. Tras el golpe militar de 1936 volvio a llenarse de presos gubernativos (encarcelados sin juicio previo), que en muchos casos no fueron registrados debido al caos e impunidad iniciales, desconociendose su numero exacto. A muchos de los gubernativos los trasladaron a la carcel provincial de Pamplona, siendo juzgados posteriormente, otros quedaron en libertad y asesinados en distintos lugares de Navarra, en la Barranca (La Rioja) o en las cercanias del penal. A otros se les obligo a enrolarse en el Tercio Sanjurjo, siendo asesinados sin llegar a entrar en combate. En 1990 Felix Sierra publico La fuga de San Cristobal, 1938, con una primera lista de 1085 fugados y muertos en el Fuerte, y en 2005, junto con Inaki Alforja, publicaron La gran fuga de las carceles franquistas, con el listado de 4993 ingresados que constaban en el «Libro registro de presos» hasta el 27 de septiembre de 1940. Pero la falta de los anos siguientes dejaba
