Los hongos están constituidos por células con una estructura de célula eucariota con el material genético distribuido en un núcleo y con una membrana celular rígida. Se dividen en dos grupos los mohos (hongos filamentosos) y las levaduras. Los mohos están constituidos por filamentos multinucleados denominados hifas que se reproducen continuamente por sus extremos y con frecuencia se arborizan. Las levaduras se reproducen por gemación y ocasionalmente pueden formar filamentos o pseudohifas. Los hongos, por sus características, son los grandes desconocidos de la microbiología clínica. Debido a su complejidad, no se ha entrado en profundidad sobre todas las infecciones fúngicas, aunque se ha hecho hincapié sobre aquellas más frecuentes y que más morbi-mortalidad causan en la actualidad.