Introducción histórica. Delimitación, volumen y configuración de las aguas epicontinentales. El agua y las sustancias que lleva en solución. Energía radiante y mecánica del agua. Ocupación de las aguas continentales y proyección geográfica y ecológica de la evolución. Organización, teoría y modelado de los ecosistemas. Productores primarios del plancton. Zooplancton. Algas del bentos y macrófitos. Invertebrados bentónicos. Peces y demás vertebrados. Bacterias, hongos y otros organismos que utilizan materia orgánica disuelta. Integración y regulación del ecosistema. Lagos. Ríos. Embalses. Ecosistemas forzados. Comunidades acuáticas en condiciones extremadas. Sedimento, bentos profundo y paleolimnología.
La Limnología es la ciencia de las aguas epicontinentales, o sea prácticamente las que llamamos dulces. Estudia sus características físicas y químicas y los organismos que viven el lagos, ríos y embalses, encaminándose a conseguir una síntesis ecológica. La Limnología se está desarrollando rápidamente como ciencia aplicada, solicitada por la creciente demanda de agua y por las múltiples amenazas a su calidad. Los ecosistemas estudiados por la limnología son indicadores excelentes del estado actual de salud de las respectivas cuencas, incluyendo sus ecosistemas terrestres, y en el sedimento de los lagos, registradores de su historia.